После событий первого фильма прошло уже два года. Питер Паркер продолжает решать свои внутренние проблемы - противостоит своему одновременному "проклятию и дару", находясь при этом на границе двух разных жизней - обычного студента и героического Человека-Паука. Наличие двойной секретной жизни, по мнению Питера, приводит все общение с другими людьми либо в тупик либо к опасности для его знакомых. Его чувства к Мэри Джейн активно подталкивают его к признанию ей о своем секрете и раскрытию своей любви. Его близкий друг Гарри все больше тоскует по умершему отцу и накопляет в себе все большее желание отомстить Человеку-Пауку. А любимая тетя Мэй после смерти дяди Бена все больше подозревает племянника в наличии у него большого секрета. В дополнение ко всему Питеру приходится противостоять новому опасному злодею - доктору Отто Октавиусу. Питер должен использовать все свое мужество для того, чтобы победить этого ужасного злодея с восемью конечностями.